生产专用面粉除了需要有品质优良的小麦原料外，还需要先进的面粉机设备与工艺作保证，如：针对专用粉的生产要求及国产小麦杂质含量高的情况，需要配备比较完善的清理设备。一般采用三筛两打两去苗石、一精选二着水一润麦的工艺配置，在毛麦仓及润麦仓底增加配麦工序，加强精选，确保入磨小麦的质量;否则产品的质量、均一性、出粉率等难以达到预定的指标。但目前先进的专用面粉生产设备价格过高，对很多小型企业来说，存在着投资过大、包袱过重问题。

由于价格原因，小型面粉加工厂使用的加工机械，一般采用小型面粉加工机械厂家生产的设备，这些个体或小型企业在不具备生产条件的情况下，依靠拼凑、组装、偷工减料等手段进行生产，生产的产品存在着安全性不合格、产品核心部件质量差、主要性能指标不达标等质量问题。小型面粉加工厂由于设备简单，拥有很少的加工设备，无法应用应对复杂的加工工艺，企业在面粉生产过程中也极大地简化加工工艺，主要表现在两个方面：一是简化小麦清理工艺，致使在小麦清理过程中砂土、石块等不能有效清除。二是不采用新的制粉工艺，如不采用脱皮制粉先进工艺，造成小麦果皮上的灰分、农药等有害物质残留量污染物进入到面粉中。

面粉机械结构复杂，传动件和电控件较多，小企业生产的设备中，有的甚至在机器的危险部位没有安全防护或安全警示，对操作者和其他工作人员的人身安全，造成安全隐患。因此，这些面粉加工机械的使用，既影响面粉品质、损害消费者的身心健康，又威胁着机械操作者的人身安全。